הרב קוק קרוב ברוחו לנושאים רבים משיטת חב"ד.העיסוק השכלי בסוד,חיבור הסוד לתורת הנפש,שתי הנפשות,העונג,חכמה ובינה,יחסי רגל ושכל,תפיסת התורה ועוד.
אך לדעתו חב"ד עוסקת בבנין הפרט והוא "בונה האומה"- עוסק בכלל.חב"ד לא רואים בתרבות ובהסטוריה ( "שנה" -בספר יצירה) את המרחב החשוב לפעילות הקבלית כפי שהראי"ה חשב.